Для оценки распределения белков по молекулярной массе и изоэлектрической точке в лаборатории АкваХром применяется одномерный и двумерный электрофорез. После электрофоретического разделения образцов доступна денситометрическая обработка гелей. Имеется возможность идентификации вырезанных полос методом МАЛДИ – лазерной десорбционная ионизация в присутствии матрицы (Matrix Assisted Laser Desorption/Ionisation – MALDI). Пример одномерного электрофореза представлен на рисунке.